مطابق نوشته‌های دکتر هلندر، کبوتر‌ها دارای سه رنگ چشم هستند. زرد، سفید و سیاه. زرد و سفید تنها رنگ‌های هستند که رویقرنیه دیده میشوند. این دو رنگ رنگ‌های اصلی‌ چشم کبوترهستند. دقیقا بمانند طرح، کبوتر حامل دو آلل رنگ چشممیباشد که زرد بر سفید غالب است. بر خلاف رنگ پر ، رنگ چشم به جنسیت بستگی ندارد و ما نمیتوانیم با دیدن رنگ چشم جنسیت جوجه‌ها را پیش بینی‌ کنیم.

رنگ هایزرد و سفید:

رنگ زرد که بعضی‌ وقت‌ها به آن نارنجی یا قرمز نیز گفته میشود، بستگی بهرگ‌های خونی داخل قرنیه دارد. همچنین رنگ سفید که بعضی‌ وقت‌ها بصورت صورتی‌،خاکستری یا آبی دیده میشود نیز به تعداد رگ‌های خونی قرنیه بستگی دارد.  مطابق گفته‌های دکتر هلندر،کبوتر وحشی فقط داری رنگ چشمنارنجی یا قرمزمیباشد. از طرفی‌ دیگر رنگ چشم سفید فقط و فقط به کبوتر اهلی تعلق دارد. بعضی‌ نژاد‌ها هرگز با چشمان زرد پیدا نمیشوند مگر اینکه با نژاد‌های دیگر ترکیب شده باشند. عکس‌های زیر نمونه هایی از رنگ چشم زرد میباشند که اگردقت کنید قسمت داخلی‌ قرنیه زرد است و مویرگ‌های خونی به خوبی‌ در قسمت خارجی‌ دیده میشوند

رنگ سیاه:

همانند رنگ سفیدیکدست یا زاغ یکدست (spread) که رنگ اصلی‌ پر‌های کبوتر را مخفی‌ می‌کند،رنگ چشم سیاه رنگ اصلی‌ شناخته نمی‌شود و یک متغیربه حساب میاید. کبوترانی که رنگ چشم سیاه دارند هماند بقیه کبوتران حامل دو ژن رنگ چشم هستند که ما قادر به دیدن آنها نیستیم. و دلیل آن اینست که این متغیر هر دوی آنها را از نظر ژنتیکی‌خاموش کرده است. کبوتران سفیدمهر مغلوب را درنظر بگیرید، اکثرا داری چشمان سیاه، پر‌های سفید، نوک‌های سفید، گوشت و ناخن‌های سفیدهستند.اینها هممثل چشم‌های سیاه توسط متغیر‌های دیگر خاموش شده اند که ما به ظاهر همه چیز را سفید میبینیم. اما ما میدانیم که زیر این پر‌های سفید رنگ اصلی‌ کبوتر نیز تولید میشود و وجود دارد. به همین دلیل است که سفید جز رنگ‌ها نیست و فقط یک متغیر است. و دوباره بهمین دلیل است که هر کبوتری دو ژن ازسه ژن رنگ ودو ژن از چهار ژن طرحرا به همراه دارد. پس رنگ چشم سیاه دو رنگ دیگر را مخفی‌ می‌کند و خود را نشان میدهد. 

رنگ زال (albino):

زال یا صورتی‌ وقتی‌ به وجود میاید که کبوتر تولید کننده‌ رنگدانه هایبدنش را بخاطر یک جهش ژنتیکی‌ از دست داده باشد. نه فقط چشم‌ها بلکه تمامی بدن بصورت صورتی‌ با پر‌های سفید دیده میشوند. ما آن را به این دلیل صورتی‌ میبینیم که چون رنگ دانه‌ای وجود ندارد که نوررا منعکس کند نور از طریق مویرگ‌ها و بافت‌های خونیانعکاس پیدا می‌کند . زال یک ژن مغلوب است که فقط در مرحلههوموزایگوت خود را نشان میدهد و میتواند در چندیننسلبدون بروز خود سفر کند و فقط وقتی‌ خود را نشان میدهد که دو کبوتر حامل آن با هم جفت شوند و هردو ژن‌های زال خود را ارائه بدهند. پس برای تولیدزال ما به نر و ماده حامل ژن زال که خود زال نیستند (هتروزایگوت) و یا نر و ماده زال (هوموزایگوت)احتیاج داریم. زال در کبوتران ایرانی بندرت دیده میشود اما دوستانی که کبوتر‌های مسافتی دارند با آن به کراتمواجه میشوند. 

رنگ‌های دیگر:

قرمز، صورتی‌، سفید، نارنجی، زرد، سیاه رنگ هایی هستند که ما میتوانیم آنها رابه راحتی‌ توضیح بدهیم. اما رنگ هایسبز یا آبی یا قهوه‌ای پر رنگ چطور میشوند؟ فراموش نکنیم که جهش‌های ژنتیکی‌ همیشه در حال وقوع هستند و دانشمندان هنوز نتوانسته اند توضیحی برای آنها پیدا کنند و یا تحقیقات کافی‌ بر روی آنها انجام نداده اند. این رنگ‌ها میتواند متغیر‌های جدید یا جهش‌های جدید رنگ‌های سفید یا زرد باشند.

توضیح ژنتیکی‌ برای رنگ چشم و نتایج ممکنه:

آیا چشم زرد یا سفید نسبت به سیاه غالب هستند؟ از انجایکه سیاه رنگ چشم نیست و فقط متغیر است جواب خیر میباشد. وقتی‌ که رنگدانه‌های چشمی در سطح داخلی‌ وجود بداشته باشند رنگ سیاه خود را بروز میدهد. اما ما میدانیم که هر دو آلل رنگ در زیر آن وجود دارند که وقتی‌ آنرا با یک کبوتر چاهّیجفت کنیم آن رنگ در جوجه‌ها بروز می‌کند.  

در زیر برای درک بهترمثال‌های مختلفی‌ از ترکیب‌های ممکنه آورده شده است. اگر ما به پیشینه رنگ چشم در کبوترانمان واقف باشیم براحتی میتوانیم رنگ چشم جوجه‌ها راقبل از تولد حدس بزنیم. 

۱- چشم زرد هموزایگوت X چشم زرد هموزایگوت = همه جوجه‌ها چشم زرد هموزایگوت خواهند شد.

۲- چشم زرد هموزایگوت X چشم زرد هتروزایگوت حامل ژن سفید = تمام جوجه‌ها چشم زرد خواهند شد اما ۵۰% آنها چشم زرد هموزایگوت و ۵۰% چشم زرد هتروزایگوتحامل ژن سفید خواهند شد.

۳- چشم زرد هموزایگوت X چشم سیاه =اگر جوجه‌ها رنگ چشمانشان را بروز بدهندتمام جوجه‌ها چشم زرد خواهند شد*.

*توضیح: در این مورد ما میدانیم که یکی‌ از دو جفت کبوترچشم زرد است و میدانیم که کبوتر چشم سیاه در زیر دارییکی‌ از ژن‌های سفید و یازرد است. و چون زرد به سفید غالب است، اگر جوجه رنگ اصلی‌ چشم را نشان بدهد این رنگ یا زرد هموزایگوت است و یا زرد هتروزایگوت.

۴- چشم زرد هتروزایگوت x چشم زرد هتروزایگوت = ۲۵% جوجه‌ها چشم زرد هموزایگوت و ۵۰% چشم زرد هتروزایگوت حامل ژن چشمسفید، و ۲۵% چشمسفید هموزایگوتخواهند شد.

۵- چشم زرد هتروزایگوت x چشم سیاه = از این ترکیب ما میتوانیم انتظار هر رنگی‌ را داشته باشیم، حتی میتوانیم انتظار چشم تابتا یا چشم چغر را نیز داشته باشیم.

۶- چشم سفید هموزایگوت x چشمزرد هموزایگوت = تمام جوجه‌ها چشم زرد خواهند شد و ۱۰۰% آنها چشمزرد هتروزایگوت حامل ژن چشم سفید خواهند شد.

۷- چشم سفید هموزایگوت x چشمزرد هتروزایگوت حامل سفید = ۵۰% هتروزایگوت زرد حامل سفید و ۵۰% چشم سفید هموزایگوت خواهند شد.

۸- چشم سفید هموزایگوت x چشم سیاه = از این ترکیب ما میتوانیم انتظار هر رنگی‌ را داشته باشیم. 

۹- چیزی به اسم چشمسفید هتروزایگوت وجود ندارد. چشم سفید فقط در مرحله هموزایگوت وجود دارد.

و